Za preradu u kompot su pogodnije višnje, naročito sorte kod kojih se koštica lako odvaja od mesa, kao što su Oblančinska višnja, Hajmanova konzerva, Reksele, Keletris i druge. Najčešće se iz plodova odstranjuju koštice.
U kompot se mogu prerađivati i trešnje. U SAD-u se za preradu u kompot najviše koriste sorte trešnje crvene boje ploda, kao što su Bing, Lambert i Van. U Evropi se više koriste sorte sa svetlo obojenim plodovima kao što je Droganova žuta. Kod trešnje se prilikom prerade u kompot uglavnom ne odstranjuju koštice.
Za preradu u kompot je naročito značajan stepen zrelosti plodova. Oni treba da budu dovoljno zreli da poseduju odgovarajuća organoleptička svojstva, ali da istovremeno budu i dovoljno čvrsti. Plodovi treba da su zdravi, bez oštećenja i da nisu crvljivi.
Nakon berbe, plodove treba rashladiti u hladnom vazduhu ili vodi, što doprinosi povećanju njihove čvrstoće. Zatim se vrši pranje i pregled plodova, pri čemu se odstranjuju plodovi neodgovarajuće zrelosti, truli i oštećeni.
Sledeća operacija je izbijanje koštica (kod višnje), koje se vrši pomoću specijalno konstruisanih mašina sa visokom efikasnošću. Posle vađenja koštica, u cilju povećanja čvrstoće, plodovi se mogu držati u hladnoj vodi temperature oko 15 stepeni oko 5-20 minuta, a čvrstoća se može dodatno povećati dodavanjem 0,04% rastvora kalcijum hlorida.
Pripremljeni plodovi se pune u odgovarajuću ambalažu, staklene tegle. Nakon toga se nalivaju vrelim šećernim sirupom, temperature oko 85 stepeni. Koncentracija sirupa treba da se prilagodi sadržaju suve materije u plodovima. Obično se uzima odnos plodova i dodanog sirupa 60:40.
Prema Pravilniku o kvalitetu proizvoda od voća, ako je proizvod deklarisan kao ,,manje sladak kompot,, treba da sadrži 14-18% suve materije, a ako je deklarisan kao ,,sladak kompot,, treba da sadrži 18-22% suve materije.
Posle nalivanja sirupa, vrši se zatvaranje ambalaže, a nakon toga pasterizacija. Trajanje pasterizacije treba da omogući postizanje unutrašnje temperature u ambalaži od oko 80 stepeni. Duže izlaganje visokoj temperaturi može negativno uticati na kvalitet proizvoda, jer može doći do pucanja pokožice.
Po završetku pasterizacije, proizvod se hladi do temperature ispod 38 stepeni. Ovo hlađenje je veoma značajno za očuvanje kvaliteta kompota.