Optimalno vreme za berbu dunja nastupa tokom septembra i traje do kraja oktobra, u zavisnosti od sorte i namene ploda. Plodovi dunje ne dostižu zrelost za jelo na stablu, već tek posle jedan do dva meseca po berbi. Postoje dva stepena zrelosti: fiziološka (botanička) i potpuna (tehnološka/konzumne) zrelost. Fiziološki zreli plodovi dostižu maksimalnu krupnoću za sortu, dobijaju žućkastu boju i semenke im pocrne.
Potpuna, odnosno tehnološka zrelost, postiže se kada plodovi dobiju najbolji ukus, miris i karakterističnu boju pokožice. Dunje se beru kada plodovi dostignu maksimalnu krupnoću, dobiju žućkastu ili žutu boju, kada se malje lako skidaju s pokožice i kada se lako otkidaju s rodnih grančica. Berbu treba obavljati po lepom i suvom vremenu, počevši od donjih grana i postepeno prelazeći na gornje, kako bi se otpadanje plodova svelo na najmanju meru.
Preuranjena berba izaziva velike gubitke u težini, jer plodovi intenzivno dobijaju na masi pred berbu. Takođe, ranije ubrani plodovi slabije razvijaju aromu, kiseliji su i podložniji uvenuću tokom skladištenja. Zakasnelom berbom dolazi do masovnog otpadanja plodova, ali i do unutrašnjeg tamnjenja mesa i bržeg razvoja bolesti, poput meke truleži.
Dunje se beru ručno, a ponekad i pomoću berajke. Prilikom berbe rukom, plod se uhvati celom šakom, malo podigne i uvije kako bi se odvojio od grančice. Važno je pažljivo brati plodove, jer je dunja osetljiva, i izbegavati povređivanje noktima, jer svaka povreda predstavlja ulaz za izazivače truljenja.
Obrane plodove ne treba stavljati na sunce, već ih odmah skloniti u hladovinu do otpreme. Prema kvalitetu, dunje se klasiraju kao plodovi prve i druge klase. Plodovi prvog kvaliteta moraju biti pravilno razvijeni, prečnika najmanje oko 70 mm, sa mesom svetložute boje i bez mrkih mrlja. Na pokožici ne sme biti crnih mrlja. Dunje drugog kvaliteta mogu imati do 5% plodova sa mrkim mrljama i manjim oštećenjima, ali njihov prečnik mora biti preko 50 mm.
Pakovanje dunja ima za cilj da obezbedi uspešniji transport do odredišta i poveća privlačnost plodova. Pravilnim pakovanjem postiže se racionalnije korišćenje prostora, olakšava prenošenje i kontrola. Dunje se najčešće pakuju u plitke drvene ili plastične gajbice (holandezere). Ambalaža mora biti čista, suva i glatka iznutra kako oštre ivice ne bi ogrebale pokožicu ploda.
Plodovi se mogu čuvati oko tri meseca na temperaturi od 0-2°C i pri relativnoj vlažnosti vazduha od 90%, uz prethodnu dobru zaštitu u voćnjaku i tretiranje fungicidima pre unošenja u hladno skladište. S obzirom na to da se dunja bere kasno u oktobru, plodovi se mogu dobro čuvati i u dobro provetrenim podrumima ili sličnim prostorijama do početka januara, pa čak i do marta, u zavisnosti od sorte.